译文
释迦牟尼佛又继续告诉文殊菩萨，当药师如来开始学佛时，发了十二大愿。要使所有的众生所求都能如愿。
第一大愿：药师如来愿来世大彻大悟，悟后起修，成佛的时候，身体放一切光明，身体像大火一样，光芒万丈，照耀无量无边的世界。光明照耀，成就一切色身，色身成就之后，一定是相好庄严，具足三十二相，八十随形好。以三十二大丈夫相、八十随形好应世。令一切众生都有三十二相，八十随形好。
第二大愿：药师佛说，愿我来世证得菩提时，此身犹如琉璃，内外透明，透明到干干净净，没有一点渣滓，像琉璃体一样，自然成就一切色身。此时应化身之色身光明广大，如果受到佛的身光功德的影响，自然清净，自然业障消除。所以说‘光明广大，功德巍巍’。色身外之光，像放火焰一样，身光重重于外，照遍三千大千世界，乃至无量无数世界，超过了太阳与月亮的光明。幽冥中的众生，那些看不见的，在黑暗中的众生。地狱众生，永远在黑暗中，也是幽冥众生。这些众生被我的光明照到的时候，悉蒙开晓，都解脱了痛苦，都解脱了烦恼，智慧开了，罪业轻了，随便他们想要做哪一样事，都可以成功，因为药师佛的光明加庇他，照到他。
第三大愿：希望我将来成佛时，能用很多很多无量无边的智慧，很多很多无量无边的方法、学识、能力等，使这个世界一切众生在物质上没有缺乏，永远有衣服穿、有饭吃，生病了有药医，没有贫穷、没有苦恼。
第四大愿：如果世界上有思想偏差，行邪道，我都使其改邪归正，安住菩提道中。诸二乘人，也都安住在大乘道中。
第五大愿：假使有人在药师佛的法门中修一切梵行，受到他的愿力的影响和愿力的感应，戒律永远不会有缺漏。药师佛说希望我成佛的时候，在我的佛土中，假使有人犯了这些戒行，只要一听到我的名号－－药师琉璃光如来，便会获得清净。
第六大愿药师佛：说将来成佛时，一切众生身体下劣的，若能听到我的名号，便能得毫无缺陷的端正色身。下劣即身体是下等品质，什么样的色身不下劣？丈六金身，三十二相，八十种随形好，大概几千年才出一个－－佛的相好庄严。等而下之，一切众生的身体都是下品。比下品还可怜的众生是诸根不具，诸根不只六根，身体有缺陷的都叫诸根不具，丑陋是诸根不具之一种。以佛法看众生，丑陋就是病态，另外还有顽、愚、盲、聋、喑、哑、挛、躄、背、偻、白癞、癫狂……等种种病，都是很痛苦的病态。
顽：调皮捣蛋，冥顽不灵，妄作聪明，思想痴騃，没有智慧，怎么教都点不通，脑根不具足，愚：笨蛋，笨得不得了。盲：眼睛看不见。聋：耳朵听不着。喑哑：声音沙哑，喉咙有毛病。挛：是神经方面的毛病，全身痛，抽筋、抽痛等等，一天到晚都在这个果报中。躄：跛足，或半身不遂。背：弯腰驼背，背弯起来，腰干不直。偻：比驼背更严重，把腰弯起来了，白癞：皮肤病。癫狂：精神病，心理病。药师佛愿这些受苦折磨的人，在听到他的名号，一心虔诚诵修行药师如来法门，一切都能得到‘端正黠慧’，聪明有智慧（为何又加一句‘诸根完具’？因为诸根完具很难，很多人外表看起来很端正，但是，却有些暗病只有自己知道，绝对完全健康的几乎没有。）一切众生没有生老病死苦。
第七大愿：药师佛的第七大愿是为了一切被众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦的有情众生而发。看到这段经文由自己的亲戚朋友开始想起，想到世界上所有的人都在这个境界上，被众病逼切，无救无归。尤其当时在战乱中，就会亲眼看到许多人无救无归，不管穷也好、病也好，无亲无家，没个归依处。世界上处处充满了无救无归的人，在病苦中无医无药的人更是不计其数。许多人‘贫穷多苦’，贫穷以外还有许多痛苦的事。只要听过药师琉璃光如来、南无消灾延寿药师佛，病就消除了，身心亦得安乐。
第八大愿：药师佛第八大愿特别为女性而发，与观世音菩萨一样大慈大悲。药师如来的第八大愿就是说成佛时，假使有女人不愿作女人，可转女成男。（女身百恶’很难解释，‘法华经.提婆达多品’提到女性有五障之身，此五障就人文文化观点而言，是讲女性的果报，但并非究竟。至于说女身百恶之所逼恼，偏重于心理方面，换句话说，它配合九十八结使的道理）女性喜欢缠绵，讲话也缠绵，处处都缠绵，女性因此而得百恶，在缠绵中缠掉了。等到自己对缠绵情业生厌离心，所谓厌离，硬是厌离这个世界，厌离这个红尘，所以想转女身成大丈夫身。当然不舍女身而成大丈夫身也可以，证得琉璃光如来境界，此身还是女的，已经像龙女一样，八岁就成佛了，不需要转此身。转女成男，具大丈夫相才称得上是真正的男人，所以，女身一样能成大丈夫。
第九大愿：药师如来第九大愿，愿自己将来大彻大悟、证得菩提的时候，希望自己的功德、能力能使一切众生跳出一切魔的罥网。细网谓之‘罥’，大的网叫‘网’。烦恼是一种魔，生死是一种魔，欲望又是一种魔。若以修道的立场来讲，无一不是魔境。纵使一个人爱好美的境界，爱好山林或城市，一有所执着便是魔境界，要真正跳出魔的罥网非常不容易。
跳出了生死之魔、烦恼之魔，也跳出了欲望之魔，才能获得真正的解脱。出魔罥网，解脱一切外道缠缚。一般凡夫之所以不得解脱，因为始终在生死魔、烦恼魔、欲望魔的罥网中。纵使去信宗教，不管任何的宗教；纵使去修道，不论任何的道，终究都属于外道，不能解脱一切外道缠缚。‘若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见’。种种是简化的翻译，以种种两个字包含所有一切。恶见包括很多，如身见、边见、邪见、见取见、戒禁取见，凡是观念有一点偏差的都属于恶见。稠林就是密集如丛林般的意思。药师佛愿将来成佛的国土世界中，假如有众生堕在许多坏的、非正知见的恶见森林中，不能自拔，药师佛将以其愿力引导他们，归摄他们置于正见。有了正见以后，渐渐使他们修习一切菩萨行，速证无上菩提，速证无上正等正觉，大彻大悟。
第十大愿：将来成佛时，一切众生如果犯了国家的法令，受刑时，坐牢时，将被杀时，以及种种一切其他灾难，受污辱痛苦时，悲惨时，心理受煎熬，生理遭痛苦，只要一念‘南无药师如来’的名号，不一定是念‘南无消灾延寿药师佛’，以我的福德威神之力，都可以为他们解脱一切忧苦（只告诉你得解脱一起忧苦，并没有告诉你绳子会断，也没有告诉你枪弹打不进来）
第十一大愿：他希望自己成佛的时候，众生被饥渴所烦恼，为求饮食而造一切恶业时，只要念药师如来名号，马上可以得到上妙的饮食，最后则以佛法的法味使众生过很好的生活。
第十二大愿：药师如来说，希望他成佛的时候，一切没有衣服穿，被蚊虫所咬，受天气冷热，昼夜逼恼等痛苦的众生，只要听到他的名号，能够‘专念受持’他的名号，你所要求的都能满愿，获得种种上妙衣服，也同时得到最宝贵、庄严漂亮的器具，包括各式各样装饰品、项链、戒指、眼镜架及华鬘等等。华鬘、装饰品等是印度男女喜欢佩戴的东西，像鼻子钻洞挂个圈圈、镶块宝石。然后在身上涂各种香味。所以涂香也是供养佛的一种，烧香是中国人特有的供养，而多以涂香供养佛。鼓乐，包括一切音乐歌舞。
佛告诉我们，上面所说药师如来的十二大愿，都是药师佛没有成佛以前，在他修菩萨道时所发的十二个愿力，到他成佛的时候，他这十二大愿变成事实，成就了东方琉璃光净土。
注释
所有佛法的戒律有一统称叫‘三聚戒’
哪三种聚戒呢？
（一）摄律仪戒
（二）摄一切善法戒
（三）饶益一切有情戒